Quando la salute dei tessuti è compromessa, si attuano terapie di tipo maggiormente invasivo: si tratta della terapia chirurgica parodontale, riservata a quei pazienti in cui la terapia non chirurgica non è stata in grado di eliminare completamente le cause dell'infiammazione dei tessuti attorno ai denti, con l'obiettivo di cercare di ridurre i danni prodotti dalla malattia parodontale.

La terapia chirurgica parodontale permette una più accurata pulizia delle radici: incidendo e scollando i tessuti gengivali, l'accesso alla radice e all'osso è infatti molto più agevole. Essa permette anche di ostacolare la crescita dei batteri che vivono in assenza di ossigeno ed eliminando profonde tasche e facilitando l'igiene domiciliare del paziente. 
   
La chirurgia rigenerativa consiste nel ricostruire il tessuto osseo e gengivale che è andato perso a seguito della malattia parodontale o di altri processi patologici. L'indicazione primaria alla chirurgia rigenerativa sono i difetti ossei molto profondi. La tecnica consiste nell'utilizzare un innesto di tessuto osseo che viene poi ricoperto dalle strutture gengivali o da membrane protettive biocompatibili.